一是加强村卫生室的监督检查。在完善常规检查的同时，重点加大对村卫生室门诊统筹工作的监督检查力度。根据参合农民信访举报情况以及新农合信息系统的分析，通过走访参合农民和调取补偿信息及处方等方式，对全县的部分村卫生室进行监督检查。
二是规范定点医疗机构的服务行为。制定下发了《含山县新型农村合作医疗门诊一般诊疗费收付机制规定》，为定点医疗机构规范收取一般诊疗费提供了政策依据。
三是加强单病种付费工作的监督管理。充分利用网络在线审核的优势，对全县所有新农合定点医疗机构开展的21种按单病种付费的疾病实行在线审核和管理。定期或不定期对试点医院执行住院单病种付费政策情况进行检查，对违反规定所发生的费用，在拨付资金中直接予以扣减。
四是加强新农合运行指标动态监测。对县内各定点医疗机构的住院人次、医疗费用及次均住院费用、住院补助及保障度、目录外用药情况等指标进行动态分析及对比，并实行季度通报。对住院人次上涨快、医疗费用及次均住院费用高、住院补助及保障度低、目录外用药比例大的定点医疗机构进行点名批评，并要求存在问题的定点医疗机构限期整改。
截止11月底，全县新农合共办理普通住院补助29426人次，总医疗费用为22064.49万元，补助金额达11720.92万元，保障度58.09%，其中县级以上保障度53.22%，县级保障度69.63%，镇级保障度77.74%。