市水利局联合南京市水利局，形成联合管理机制，加强对石臼湖生态资源的保护。
针对近年来石臼湖围网养殖和无节制捕捞等行为造成湖区生态环境逐渐恶化和湖区湿地功能逐渐弱化等问题，市水利局积极联合南京市市水利局启动了石臼湖控制工作的前期工作，预计投资7亿元对石臼湖水资源进行改善。市水利局局长郑诗海：“主要工作措施就是在石臼湖与水阳江干流相连的三汊河、塘沟河两处湖口分别建设水闸，同时在塘沟河处配套建设一座船闸，对湖泊进行控制运用。马宁两市水利局分别将该工程列入各自的重点前期项目之一，共同推进工程前期工作，力争早日开工。”
此外，宁马两市将启动联动机制，对石臼湖内的非法围网等行为进行整治。并由两市联合成立的石臼湖管委会采取核定湖内养殖容量、划定允许围网区和禁止围网区等措施。郑诗海：“由湖管会牵头，用三个月到半年的时间，联合对石臼湖内的非法围网进行集中整治。在此之前，当涂县和博望区要研究制定切实可行的办法，控制围网养殖新的发展。”